GbParser
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About GbParser
- 概要
iPhoneアプリ「ファイル」からGenbank fileを読み込みパースします。Feature, Qualifierをパースした結果をタブ区切りテキスト形式でエクスポートすることが出来ます。また、translation、originの配列をfasta fileにエクスポートすることが出来ます。
- 使い方
(1)iPhoneアプリ「ファイル」からgenbank fileを選択します。
(2)変換アイコンをタップするとパースを実行します。
(3)パース結果ファイル名をタップすると入力ファイルと同じフォルダにエクスポートされます。
- パース結果の出力書式
Feature, Qualifierのパース結果（タブ区切りテキスト）
列番号、項目
1 #locus
2 feature key
3 location
4 direction complementのとき'R' それ以外は'F'
5 min_Position location内の最小値
6 以降 Qualifier項目
translation fasta file のヘッダ
>[locus id]|[location]|locus_tag:[locus_tag]|gene:[gene id]|protein_id:[protein id]
origin fasta fileのヘッダ
>[locus id]
iPhoneアプリ「ファイル」からGenbank fileを読み込みパースします。Feature, Qualifierをパースした結果をタブ区切りテキスト形式でエクスポートすることが出来ます。また、translation、originの配列をfasta fileにエクスポートすることが出来ます。
- 使い方
(1)iPhoneアプリ「ファイル」からgenbank fileを選択します。
(2)変換アイコンをタップするとパースを実行します。
(3)パース結果ファイル名をタップすると入力ファイルと同じフォルダにエクスポートされます。
- パース結果の出力書式
Feature, Qualifierのパース結果（タブ区切りテキスト）
列番号、項目
1 #locus
2 feature key
3 location
4 direction complementのとき'R' それ以外は'F'
5 min_Position location内の最小値
6 以降 Qualifier項目
translation fasta file のヘッダ
>[locus id]|[location]|locus_tag:[locus_tag]|gene:[gene id]|protein_id:[protein id]
origin fasta fileのヘッダ
>[locus id]
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Was ist neu in der neuesten Version 1.0
Last updated on Oct 5, 2017
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1.0
Oct 5, 2017
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